Finalizada la denominada Conquista, se inició un periodo que abarcaría más de dos siglos, durante los cuales se extendería y consolidaría la dominación española en el territorio, sólo resistida por los mapuches.
El «Reino de Chile» constituía administrativamente una Gobernación y Capitanía General con capital en Santiago. Al frente del mismo se encontraba el gobernador y capitán general, asesorado por la Real Audiencia, presidida por el mismo gobernador, razón por la cual se le denominaba indistintamente presidente o gobernador. La Audiencia, además de servir de órgano consultivo del gobernador, tenía las funciones de tribunal de apelaciones del reino.
A partir de la destrucción de las ciudades y villas del sur del territorio a fines del siglo XVI, el control efectivo ejercido por los españoles se reducía al Valle Central hasta el río Biobío. Al este de la Cordillera de los Andes, el territorio chileno incluía el Corregimiento de Cuyo, conformado por la parte poblada de las actuales provincias argentinas de Mendoza, San Juan y San Luis. Cuyo fue separada de Chile en el año 1776, para incorporarse al recientemente creado Virreinato del Río de la Plata. En teoría, incluía también amplios territorios en la actual Patagonia argentina, en los cuales no se establecieron poblaciones permanentes.
El rey Felipe II sujetó al gobernador a la vigilancia del virrey del Perú, al expresar en una real cédula de 1589 que debía «guardar, cumplir y ejecutar sus órdenes, y avisarle de todo lo que allí se ofreciese de consideración». A partir de dicha norma, los virreyes entendieron que la relación entre ambos era de efectiva dependencia; sin embargo, en algunos casos, la relación del gobernador fue directa con el rey y en otras pasó por el virrey del Perú.
La base de la relación fue la real cédula antes mencionada; no obstante, hubo otras posteriores que perfilaron el tipo de relación efectiva entre la capitanía y el virreinato. Por ejemplo, mediante reales cédulas, se autorizó a los virreyes a intervenir en Chile sólo en caso de «alboroto y tumulto». Se facultó a los virreyes a poner en práctica estrategias militares en la guerra de Arauco (guerra defensiva) y después se ordenó directamente al gobernador de Chile a implantarlas (guerra ofensiva). También se facultó a los virreyes para remover al gobernador, atribución que les fue posteriormente negada.
Respecto a los recursos militares (armas, soldados, etc.) y el abastecimiento comercial, la capitanía dependió del virreinato. La administración de justicia de la capitanía era autónoma del virreinato, salvo la inquisición, que correspondía a un delegado de Lima, y los juicios de comercio, que dependieron del consulado de Lima hasta 1795. En lo gubernativo, la relación fue fluctuante, dependiendo del periodo, las instrucciones que enviaba el rey e incluso las personalidades de las respectivas autoridades (virreyes y gobernadores) y no hubo nunca una anexión formal de la capitanía al virreinato. Además, en ciertos periodos, por cuestiones estratégicas de seguridad del virreinato –por ejemplo, ante amenazas de corsarios– los virreyes intervinieron directamente en el gobierno de Chile, incluso por propia iniciativa. Asimismo, algunos gobernadores acostumbraron consultar o pedir instrucciones sobre temas urgentes al virrey, por la gran distancia que los separaba del rey, que se encontraba en España.
guerra de arauco 
Finalmente, en 1798, a propósito de una disputa entre el virrey O'Higgins y el gobernador Avilés, el rey Carlos III declaró que Chile era independiente del virreinato.La situación geográfica de Chile, apartado de las principales rutas terrestres y marítimas, fue uno de los inconvenientes más graves con que tropezó la colonización del país. Esto, sumado al constante estado de guerra en que se encontraba la capitanía, convirtieron a Chile en una de las zonas más pobres del Imperio español en América. Los intercambios con el Perú fueron la base de la actividad comercial de la capitanía; posteriormente, aunque estaba legalmente prohibido, se establecería un comercio regular con Buenos Aires.
Obra que muestra la vida en Chile durante el período colonial. 
El siglo XVII se ha caracterizado económicamente como el siglo del sebo, pues este artículo, junto al charqui y el cuero, se convirtió en el principal producto de exportación al Perú, lo que permitió la obtención de importantes dividendos a una economía precaria, de escasa capacidad de producción en áreas diversas a la ganadería. A su vez, el siguiente siglo, el XVIII, ha sido llamado el siglo del trigo, ya que en éste se formó una nueva estructura social agraria, que permitió un amplio desarrollo de la agricultura y una importante cantidad de exportaciones de este cereal al virreinato. De hecho, a partir de 1687, Chile se convirtió en el «granero del Perú», pues en esa fecha el virreinato fue asolado por una plaga que afectó gran parte de sus valles cultivables. También se desarrolló la minería, con algunos yacimientos de cobre, oro y plata.
Aunque existía un sistema de monopolio, el contrabando se activó en forma ostensible durante el siglo XVIII, con la llegada de naves procedentes de Estados Unidos, Francia e Inglaterra. Sólo el establecimiento de la libertad de comercio con España, en 1778, permitió un intercambio más continuo con la metrópolis.
Durante este periodo, se produjeron varios terremotos de gran magnitud. Entre otros, el ocurrido el 13 de mayo de 1647, que destruyó gran parte de la ciudad de Santiago; el de 15 de marzo de 1657, que dañó totalmente a Concepción y generó un tsunami; y el de 8 de julio de 1730 que volvió a dañar seriamente a Santiago y Valparaíso.
